Arboretum położone jest na Pojezierzu Olsztyńskim, w zachodniej części Warmii, w pobliżu nadleśnictwa Kudypy (ok. 4km od Olsztyna).

Teren arboretum znajduje się w strefie moreny dennej zlodowacenia bałtyckiego, na krawędzi niewielkiej kotliny wypełnionej torfami. Prawie cały teren arboretum pokrywa drzewostan sosnowy z udziałem świerka, dębu szypułkowego i grabu, z domieszką lipy drobnolistnej, brzozy, klonu zwyczajnego i osiki.

Najcenniejszym fragmentem lasu jest 200-letni, wielogatunkowy drzewostan z przewagą sosny, o powierzchni 2,4ha, oraz przylegające, 170-letnie drzewostany o powierzchni 3,7ha, o zbliżonym składzie gatunkowym, z roślinnością zielną charakterystyczną dla lasu świeżego. Kolekcja drzew i krzewów znajdująca się w Kudypach obejmuje obecnie około 1000 gatunków oraz odmian, przeważa roślinność charakterystyczna dla względnie surowego klimatu. Ogród dendrologiczny w Kudypach podzielony został na trzy działy:
a) dział flory polskiej - kolekcja drzew i krzewów liczą ok. 300 gatunków i odmian Jest to jedna z najpiękniejszych i najliczniejszych kolekcji drzew i krzewów gatunków rodzimych występujących w Polsce;
b) część kolekcyjna - kolekcje drzew i krzewów liczą ponad 700 gatunków i odmian. Najbardziej licznie reprezentowane są: klony (ponad 30 gat.), irgi (29 gat.) oraz suchodrzewy i róże dziko rosnące. Bogate są kolekcje jałowców, świerków, jodeł, i innych gatunków iglastych;
c) las naturalny - jest to najciekawszy przyrodniczo fragment wiekowego lasu naturalnego z drzewami pomnikowymi.

Każda pora roku w arboretum jest ciekawa i inna, jednak szczególnie ciekawie jest w kwietniu, maju i czerwcu, kiedy można obserwować kwitnące magnolie, kolorowe różaneczniki i piękne azalie.